Vor und nach 1800 befand sich Europa in einem gewaltigen Umbruch, ausgelöst durch die französische Revolution. Über diese Zeit schreibt Alberto Jucker 1881 u.a. in seinem kleinen Andelfinger Geschicht-Buch:
"Unsere biderben landlewt machten nichts am revoluzionniren unnd liessen der sach iren lauff; und wären nicht die franzosen gewäsen, so den gnedigen heren zu Freyburg und Soloturn die perückken von den Patricierschedeln gerissen, allso dasz Burgermeyster unnd Rät der Statt Zürich erschraken gleichsam als ob eynem gewaltigen Erdbeben, so wärent meyne lieben Landsleut hewte noch die allerfrömsten Untertanen."
Diese "Befreiung" ging nicht gewalt- und spurlos vorüber.
1798 brauchte Frankreich das Gebiet der Eidgenossenschaft für ihren Durchmarsch nach Italien. Mit dieser Besetzung durch die Franzosen ging die Herrschaft der Stadt übers Land zu Ende. Die Vogteien wurden aufgehoben - auch die Vogtei im Schloss Andelfingen. Im Mai 1798 marschierten die Franzosen auch in Andelfingen ein. Durch ihre Einquartierung wurde aus den Befreiern bald eine Last und die freiheitliche Stimmung wich der Bedrückung. Die Hauptwache war im Gemeindehaus, die Offiziere nahmen Quartier im Schloss, Pfarrhaus und in den Wirtshäusern und die Soldaten bezogen bei etwa 110 Familien Quartier. Nach dem französischen Recht musste die Bevölkerung unentgeltlich fürs leibliche Wohl der Offiziere, Soldaten und Pferde aufkommen. Diese schwer belasteten Bürger haben zur Erleichterung der Sorgen dann und wann ein wenig Wein aus dem Gemeindekeller erhalten.
Anfangs April 1799 hat sich die Situation dramatisch zugespitzt. Die Österreicher unter Erzherzog Karl, als Teil der zweiten Koalition im Kampf gegen Frankreich, näherten sich von Norden dem Rhein. Dies hatte zur Folge, dass Andelfingen noch viel stärker unter Einquartierungen zu leiden hatte. Und im Schloss wurde ein Generalquartier eingerichtet. Damit wurde es für die Andelfinger wortwörtlich brenzlig. Die Österreicher überquerten den Rhein und näherten sich Andelfingen. Der 25. Mai 1799 wurde dann für die Andelfinger zum schlimmsten Tag. Die Franzosen stellten ihre Geschütze beim Schloss auf und es flogen Kanonenkugeln und Granaten von allen Seiten. Die Österreicher, die sich bereits auf dieser Seite der Thur befanden, wurden arg bedrängt und mussten sich zurückziehen. Sie machten dabei den Fehler, die Holzbrücke vorzeitig in Brand zu setzen. Für einige wurde dies zum Verhängnis, weil dadurch ihr Fluchtweg abgeschnitten war.
In den beiden Dörfern entstand grosser Schaden, Häuser brannten ab oder erlitten durch den Kugelhagel grossen Schaden, besonders auch das Schloss. Es wurde für einige Zeit unbewohnbar.
Wie wenn das noch nicht schlimm genug wäre, kam es anschliessend nach dem Kampf noch zu ganz schlimmen Plünderungen, vor allem in Kleinandelfingen. Dort war nämlich unter den kaiserlichen Soldaten das falsche Gerücht aufgekommen, die Kleinandelfinger hätten während dem Kampf den Franzosen geholfen und auf sie geschossen.
Am nächsten Tag, am 26. Mai zogen die Franzosen ungestört aus Andelfingen ab. Die Österreicher mussten zuerst eine Pontonbrücke errichten, um ihnen zu folgen. Die Franzosen erlitten dann bei Zürich eine Niederlage und der Kanton wurde in zwei streng geteilte Verwaltungsgebiete geschieden. Der nördliche Teil, also auch Andelfingen unterstand ganz dem Einfluss der Österreicher.
Im "kleinen Andelfinger-Geschichtbuch" von Alberto Jucker, lesen wir: "Im Sommer zogen die Oestrycher ausz unserem Kanton weg und iren Platz nam eyn russisch heer ein. Das war merckwürdig genug und gantz sonderbarlich für alle leut, diese frembden Gest in iren unerchanten Uniformen zu sehen; war darunter vil bärbeiszig, ruchvolk."
Diese waren für die Bevölkerung eine arge Plage. Sie stahlen was sie konnten und brachten das kleine, kriechende Ungeziefer, die Läuse ins Land. "Auf ihren Lagerstätten bewegten sich oft dem Anscheine nach die Strohhalme von selbst."
Im September siegten die Franzosen in der zweiten Schlacht bei Zürich und in einer 11-stündigen Schlacht bei Oerlingen/Kleinandelfingen. Unter dem Oberbefehl von General Massena wurden die Russen völlig geschlagen. "Das Schlachtfeld war mit Leichen bedeckt."
Ganz Helvetien, also auch Andelfingen, kam wieder unter die Herrschaft der Franzosen. Es kam wieder zu bedrückenden Einquartierungen. Diese sehr entbehrungsreiche und unruhige Zeit der Helvetic dauerte bis zum 14. März 1803. An diesem Datum gab Bonaparte dem Land eine neue Verfassung, die Mediationsverfassung. Diese brachte Frieden und eine erfreuliche Entwicklung.
Nachdem Napoleon in Russland und in Leipzig seine Niederlage erlitten hatte, wurde die Mediationsverfassung am 29. Dezember 1813 aufgehoben.
Und wieder litt Andelfingen monatelang unter Einquartierungen, da die Heeresstrasse der Verbündeten nach Frankreich durch Andelfingen führte.